Etape 3 (optionnelle) : Saisie de données sur la plateforme Depobio
1. Présentation générale du processus de saisie
Avertissement
Depuis janvier 2026, la partie INPN Métadonnées et authentification via compte INPN est obsolète. La gestion des métadonnées sur passe sur un module interne de Depobio. Les utilisateurs doivent se créér un compte Depobio pour la gestion des métadonnées et la saisie et le dépôt de données brutes de biodiversité.
2. Présentation détaillée du processus de saisie
Authentification
Accédez à la plateforme du Depôt légal de biodiversité Depobio (lien de l’environnement de test).
Si vous n’êtes pas déjà authentifié avec votre compte Depobio, vous serez invité à le faire :
Accueil
Vous accédez alors à la page d’accueil de la plateforme, permettant la saisie de données brutes de biodiversité et la gestion de vos métadonnées.
Le Menu de navigation à gauche permet d’accéder aux différents modules de l’application
Le bouton à gauche du nom de la page permet de rabattre ou d’ouvrir le Menu de navigation
Un bouton en haut à droite permet de se déconnecter de l’application
Le bouton à sa gauche vous permet d’accéder à la documentation complète. N’hésitez pas à vous y référer si vous avez des doutes, des questions ou un blocage !
Module OccTax : saisir des occurences de taxons
Ce module permet de saisir des données selon le standard Occurrence de taxon du Dépôt légal de biodiversité.
Les données sont organisées en relevés (localisation, jeu de données, date, observateur…) qui sont composés d’observations d’un ou plusieurs taxons (méthode, état, statut, détermination…).
Pour chaque taxon observé, il est possible de renseigner un plusieurs dénombrements.
Chaque dénombrement correspond à un stade de vie et un sexe.
Chaque relevé est associé à un jeu de données. Pour saisir dans un jeu de données, il faut donc que vous ayez créé au préalable les jeux de données dans l’application Métadonnées (MTD) du SINP.
Quand on accède au module de saisie, celui-ci affiche vos données présentes dans le module, sur la carte ainsi que dans une liste.
La carte et la liste sont interactives.
Il est possible de se déplacer et de zoomer dans la carte (avec la souris et la molette ou les boutons + et -).
Il est aussi possible de changer le fond de carte affiché.
Les relevés affichés peuvent être filtrés.
Le premier filtre permet de limiter les relevés à ceux contenant un taxon en particulier.
Pour sélectionner un taxon, saisir au moins 3 lettres de l’espèce (en français ou en latin).
Il est aussi possible de saisir les premières lettres de l’espèce et de la sous-espèce.
Il est possible de filtrer la liste des taxons par règne, en affichant le filtre :
Il est possible d’afficher des filtres complémentaires :
Cela permet de filtrer sur tous les champs du module mais aussi de modifier les colonnes affichées dans la liste des résultats :
Selon les droits dont vous disposez, il est possible d’afficher, de modifier ou de supprimer un relevé :
Afficher un relevé
Si vous afficher un relevé, vous accéderez à sa fiche complète :
Si vous cliquez sur un des taxons observés dans ce relevé, cela affichera le détail de l’observation du taxon :
Vous pouvez aussi consultez les dénombrements du taxon observé :
Il est aussi possible d’afficher les informations géographiques liées au relevé :
Selon les droits dont vous disposez, il est possible de modifier un relevé directement depuis sa fiche Détail :
Ajouter un relevé
Depuis la liste des relevés, cliquer sur le bouton de création d’un relevé :
Vous accédez alors à un formulaire de saisie à compléter :
Commencez par localiser le relevé, sous forme de point (en cliquant sur la carte ou en saisissant les coordonnées GPS du point) :
De ligne (en recliquant sur le dernier point de la ligne pour la terminer) :
Ou de polygone (en recliquant sur le premier point du polygone pour le terminer) :
Les localisations peuvent être modifiées.
Pour les points, il suffit de les déplacer ou de recliquer ailleurs sur la carte.
Pour les lignes et les polygones, il faut cliquer sur le bouton de modification.
Vous pouvez alors déplacer les sommets existants ou en créer de nouveaux pour affiner le tracé en cliquant sur les sommets transparents.
Cliquer sur SAVE pour enregistrer les modifications apportées à une ligne ou un polygone.
Les altitudes minimum et maximum du relevé sont calculées automatiquement mais peuvent être modifiées manuellement.
Les informations géographiques du relevé (communes notamment) sont aussi calculées automatiquement.
Une fois les informations du relevé renseignées (observateurs, jeu de données, date et commentaire optionnel), vous pouvez ajouter un premier taxon à celui-ci en cliquant sur le bouton « enregistrer et saisir des taxons » :
Pour sélectionner un taxon, saisissez au moins les 3 premières lettres de son nom latin ou français.
Vous pouvez aussi saisir les 3 premières lettres de l’espèce et de la sous-espèce.
Renseignez ensuite les autres champs relatifs au taxon. Les valeurs proposées dans les listes dépendent du rang et du groupe du taxon sélectionné :
Des valeurs par défaut sont renseignées par défaut pour certains.
Vous pouvez ensuite renseigner un ou plusieurs dénombrements pour le taxon observé.
Par défaut, un dénombrement indéterminé d’un individu est renseigné.
Une fois le taxon renseigné, cliquer sur ENREGISTRER LE TAXON pour l’enregistrer :
Vous pouvez alors :
Modifier le taxon enregistré
Supprimer le taxon enregistré
Ajouter un autre taxon au relevé
Enregistrer le relevé pour revenir à la liste des relevés.
Pour ajouter un taxon au relevé, il faut cliquer sur TAXON et le renseigner comme le précédent :
Modifier un relevé
Si vous modifier un relevé existant, vous accédez à sa fiche renseignée, sur laquelle vous pouvez modifier la localisation, les informations du relevé, les taxons observés et leurs dénombrements :
Vous pouvez ajouter un taxon au relevé en cliquant sur TAXON :
Ou modifier une observation existante d’un taxon en le selectionnant dans la liste des taxons déjà enregistrés :
Module Habitats : Saisir des occurences d’habitats
1. Description du module
Ce module permet de saisir des données selon le standard Occurrence d’habitat du SINP.
Les données sont organisées en relevés (localisation, jeu de données, date, observateur…) qui sont composés d’observations d’un ou plusieurs habitats.
Chaque relevé est associé à un jeu de données. Pour saisir dans un jeu de données, il faut donc que vous ayez créé au préalable les jeux de données dans l’application Métadonnées (MTD) du SINP.
Quand on accède au module OccHab, celui-ci affiche vos données présentes dans le module, sur la carte ainsi que dans une liste. La carte et la liste sont interactives.
Il est possible de :
se déplacer et de zoomer dans la carte (avec la souris et la molette ou les bouton + et -).
changer le fond de carte affiché.
faire apparaître plus de filtre pour faire une recherche sur les habitats en cliquant sur le bouton
télécharger les habitats des stations en cliquant sur le bouton en bas à droite de la liste
afficher sur la carte un habitat en particulier en cliquant sur la liste
Selon les droits dont vous disposez, il est possible d’afficher, de modifier ou de supprimer un relevé :
1. Fonctionnalités du module
Ajouter un relevé
Depuis la liste des relevés, cliquer sur le bouton de création d’une nouvelle station d’habitat :
Vous accédez alors à un formulaire de saisie à compléter :
Commencez par localiser le relevé, sous forme :
De point (en cliquant sur la carte ou en saisissant les coordonnées GPS du point) :
De ligne (en recliquant sur le dernier point de la ligne pour la terminer) :
Ou de polygone (en recliquant sur le premier point du polygone pour le terminer) :
Les localisations peuvent être modifiées :
Pour les points, il suffit de les déplacer ou de recliquer ailleurs sur la carte.
Pour les lignes et les polygones, il faut cliquer sur le bouton de modification.
Vous pouvez alors déplacer les sommets existants ou en créer de nouveaux pour affiner le tracé en cliquant sur les sommets transparents.
Note
Cliquer sur SAVE pour enregistrer les modifications apportées à une ligne ou un polygone.
Les altitudes minimum et maximum du relevé sont calculées automatiquement mais peuvent être modifiées manuellement.
Les informations géographiques du relevé (communes notamment) sont aussi calculées automatiquement.
Pour les afficher, il faut cliquer sur le bouton d’information :
Une fois les informations de la station renseignées (observateurs, jeu de données, date et commentaire optionnel),
vous pouvez ajouter un premier habitat à la station en cliquant sur Ajouter un habitat à la station :
Pour sélectionner un habitat, saisissez au moins les 3 premières lettres de son nom latin ou français. Le champ habitat peut être filtrer par sa typologie en cliquant sur le bouton situé à droite du champ. Renseignez ensuite les autres champs relatifs à l’habitat. Des valeurs par défaut sont renseignées pour certains.
Une fois l(habitat renseigné, cliquer sur VALIDER CET HABITAT pour l’enregistrer :
Vous pouvez alors :
Modifier l’habitat enregistré
Supprimer l’habitat enregistré
Ajouter un autre habitat à la station
Enregistrer la station pour revenir à la liste des relevés.
Pour ajouter un habitat à la station, il faut cliquer sur Ajouter un habitat sur cette station et le renseigner comme le précédent.
Afficher un relevé
Pour afficher une station, cliquer sur le bouton d’information. Vous accéderez à la fiche complète.
Si vous cliquez sur un des habitats observés sur cette station, cela affichera le détail de l’observation de l’habitat :
Selon les droits dont vous disposez, il est possible de modifier et de supprimer un relevé directement depuis sa fiche Détail :
Modifier un relevé
Si vous modifiez un relevé existant, vous accédez à sa fiche renseignée, sur laquelle vous pouvez modifier
La localisation,
L’habitat observé,
Les informations de la station
Vous pouvez ajouter un habitat sur la station en cliquant sur
Ajouter un habitat à la station
Exporter un relevé
Une fois que vous avez saisi vos stations et observations depuis le formulaire, vous pouvez exporter ces données en CSV selon le standard Occurrence d’habitat du SINP.
Pour exporter les données depuis le module « OccHab » :
Depuis la liste de vos stations de l’interface carte-liste, filtrez d’abord par jeu de données (ou autre) et cliquez sur le bouton
Rechercher.Puis cliquez sur le bouton
Télécharger les donnéesen bas de la liste des relevés.Une fenêtre s’ouvre, fournissant des informations sur le téléchargement des données. Selectionnez ensuite le format CSV pour GINCO :