Etape 4 : Importer les données sur la plateforme de Dépôt légal de biodiversité

Depuis la nouvelle version de DEPOBIO, le module d’import permet maintenant d’importer des données dans le module Synthèse et OccHab.

Avertissement

Depuis janvier 2026, la partie INPN Métadonnées et authentification via compte INPN est obsolète. La gestion des métadonnées sur passe sur un module interne de Depobio. Les utilisateurs doivent se créér un compte Depobio pour la gestion des métadonnées et la saisie et le dépôt de données brutes de biodiversité.

1. Présentation générale du processus d’import des données

1. Allez sur la plateforme de Dépôt légal de biodiversité, via le site https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/ ou directement en cliquant sur le lien suivant de la plateforme Depobio .

2. Sur l’onglet « Importer » de la plateforme Depobio, cliquez sur « Nouvel import », sélectionnez le module de destination, puis choisissez le jeu de donnée ainsi que le fichier à importer, puis l’encodage du fichier et le système de référence (SRID) utilisé.

3. La plateforme réalise automatiquement un premier mapping entre les champs de votre fichier et les champs attendus dans le modèle d’import Depobio. Si la correspondance n’est pas faite sur l’ensemble des champs vous devez réaliser cette correspondance manuellement.

4. Ensuite un contrôle sur les données de votre fichier est effectué. Les erreurs potentielles sont indiquées sur le rapport d’erreur mis à votre disposition. Les données valides sont également indiquées et peuvent être importées.

2. Présentation détaillée du processus d’import des données

Une fois que le cadre d’acquisition et le(les) jeu(x) de données correspondant(s) au projet déclaré sur demarches-simplifiees.fr sont décrits, les données peuvent être déposées sur la plateforme de Dépôt légal de biodiversité.

Pour y accéder, cliquez ici (lien de l’environnement de test). Une fois connecté avec votre login INPN, plusieurs onglets sont visibles.

Le processus d’import se fait en 3 grandes étapes :

1. Choix de la destination du fichier à importer

2. Sélection du fichier CSV et du jeu de données.

3. Choix des paramètres d’encodage du fichier source et sélection du Jeu de données

4. Correspondance des champs du fichier source avec les champs attendu par le modèle de données du dépôt légal de biodiversité

5. Résultats des contrôles et vérifications avant import

Etape 1. Choix du module de destination

1. Une fois connecté à DEPOBIO, accédez au module Importer. L’accueil du module affiche une liste des imports en cours ou terminés. Vous pouvez alors finir un import en cours, ou bien commencer un nouvel import.

Vous pouvez aussi directement importer vos données à partir du module de destination. Pour cela, allez dans le module choisi entre Synthèse et Occhab, faites « importer » et passez directement au point 2 de l’étape 1

1. Choisissez dans quel module de destination les données vont être importées.

Etape 2. Sélection du Jeu de données et du fichier CSV

Etape 3. Choix des paramètres d’encodage du fichier source

Les différents paramètres d’encodage sont automatiquement détectés à l’exception du SRID des données géographiques. Vous pouvez néanmoins modifier les paramètres d’encodage si ceux-ci ne correspondent pas à votre fichier. Les formats de données géographiques acceptés sont :

• Lambert 93

• WGS 84

Etape 4. Correspondance des champs du fichier source avec les champs du modèle Depobio

1. Il s’agit de faire correspondre les champs du fichier importé aux champs basé sur le standard du Dépôt légal de biodiversité disponible sur https://preprod-depobio.mnhn.fr/ressources/index.html (lien de l’environnement de test).

2. Une fois le mapping des champs réalisé, au moins sur les champs obligatoires, il faut alors valider le mapping pour lancer le contrôle des données.

Note

Le modèle DEPOBIO correspond au fichier type d’import que vous pouvez trouver ici :

Note

N’hésitez pas à créer vos propres modèles si vous n’utilisez pas le modèle standard. Pour cela, importer votre fichier puis à l’étape 3, associez vos champs au champs du standard puis passez à l’étape suivante. Un message vous propose de sauvegarder votre correspondance de champs dans un nouveau modèle. Les correspondances seront enregistrées et vous aurez accès à votre modèle personnel au prochain import.

Etape 5. Lancement des contrôles et vérifications avant import

La dernière étape permet de lancer les contrôles et d’avoir un aperçu des données à importer et leur nombre, avant de valider l’import.

On distingue 3 actions à mener pour finaliser l’import des données :

• Le contrôle des données importées : Pour cette action, cliquez sur le bouton [Lancer la vérification]. Cette étape peut prendre du temps en fonction du nombre d’observations à traiter. Vous pouvez quitter la page de l’import sans impacter le processus et y revenir plus tard. Les contrôles continueront à être effectués en arrière plan.

• Le récapitulatif de l’importune fois les contrôles effectués, un aperçu des données et disponible contenant :

  • Le nombre d’erreur bloquantes et non bloquantes détectées

  • La visualisation du rapport d’erreur dans un nouvel onglet si besoin

  • Le téléchargement du fichier CSV des données invalides s’il y en a. Ce fichier pourra être corrigé et faire l’objet d’un nouvel import

  • La Bounding box des données valides (détection des erreurs de géométrie)

  • La Prévisualisation des observations valides prêtes à être importées

• le lancement de l’import des données dans le module de destination. Une fois les vérifications faites grâce au récapitulatif, cliquez sur le bouton [Importer vos x observations valides]. De la même manière que les contrôles, cette étape peut prendre du temps en fonction du nombre d’observations à traiter. Vous pouvez quitter la page de l’import sans impacter le processus et y revenir plus tard. L’import continuera à être effectués en arrière plan.

• A la fin de l’import, un rapport s’affiche avec l’ensemble des paramètres de l’import.

Lancement des contrôles :

Récapitulatif avant import :

Import :

Note

L’import est asynchrone c’est à dire que les étapes de contrôle des données et d’import sont effectuées en arrière plan et que vous n’avez pas besoin de rester sur la page de l’import pendant ces étapes.

Liste des contrôles réalisés sur le fichier importé et ses données

Type d’erreur	Description de l’erreur
Avertissement de nomenclature	(Non bloquant) Code nomenclature erroné et remplacé par sa valeur par défaut ; La valeur du champ n’est pas dans la liste des codes attendus pour ce champ. Pour connaître la liste des codes autorisés, reportez-vous au Standard en cours.
Champ obligatoire	Valeur manquante dans un champs obligatoire
Champ obligatoire conditionnel	Champs obligatoires conditionnels manquants. Il existe des ensembles de champs liés à un concept qui sont obligatoires conditionnels, c’est à dire que si l’un des champs du concept est utilisé, alors d’autres champs du concept deviennent obligatoires.
Date invalide	La date de début est dans le futur
Date invalide	La date de fin est dans le futur
Doublon	Deux lignes du fichier ont la même clé primaire d’origine; les clés primaires du fichier source ne peuvent pas être dupliquées.
Doublon	L’identifiant SINP fourni existe déjà en base. Il faut en fournir une autre ou laisser la valeur vide pour une attribution automatique.
Doublon	Deux lignes du fichier sont identiques; les lignes ne peuvent pas être dupliquées.
Duplication	L’identificant SINP n’est pas unique dans le fichier fournis
En-tête du fichier	Un des noms de colonne de l’en-tête est vide; tous les noms de colonne doivent avoir une valeur.
En-tête du fichier	Plusieurs colonnes de l’en-tête portent le même nom; tous les noms de colonne de l’en-tête doivent être uniques.
Erreur
Erreur de fichier	Une erreur de chargement s’est produite, probablement à cause d’un mauvais séparateur dans le fichier.
Erreur de format	Format numérique entier incorrect ou négatif dans une des colonnes de type Entier.
Erreur de format	Le format de date est incorrect dans une colonne de type Datetime. Le format attendu est YYYY-MM-DD ou DD-MM-YYYY (les heures sont acceptées sous ce format: HH:MM:SS) - Les séparateurs / . : sont également acceptés
Erreur de format	L’identifiant permanent doit être un UUID valide, ou sa valeur doit être vide.
Erreur de format	Chaîne de caractères trop longue ; la longueur de la chaîne dépasse la longueur maximale autorisée.
Erreur de format	Le format numérique réel est incorrect ou négatif dans une des colonnes de type REEL.
Erreur de format	Plusieurs codes de rattachement fournis pour une même ligne. Une ligne doit avoir un seul code rattachement (code commune OU code maille OU code département)
Erreur de format	PreuveNumerique n’est pas une url ; le champ preuveNumérique indique l’adresse web à laquelle on pourra trouver la preuve numérique ou l’archive contenant toutes les preuves numériques. Il doit commencer par « http:// », « https:// », ou « ftp:// ».
Erreur de ligne sur le fichier	Une ligne du fichier a moins de colonnes que l’en-tête.
Erreur de ligne sur le fichier	Une ligne du fichier est vide; les lignes doivent avoir au moins une cellule non vide.
Erreur de ligne sur le fichier	Une ligne du fichier a plus de colonnes que l’en-tête.
Erreur de nomenclature	Code nomenclature erroné ; La valeur du champ n’est pas dans la liste des codes attendus pour ce champ. Pour connaître la liste des codes autorisés, reportez-vous au Standard en cours.
Erreur de réferentiel	Le code commune/maille/département indiqué ne fait pas partie du référentiel des géographique; la valeur de codeCommune/codeMaille/codeDepartement n’a pu être trouvée dans la version courante du référentiel.
Erreur de référentiel	Le cdNom indiqué n’est pas dans le référentiel TAXREF ; la valeur de cdNom n’a pu être trouvée dans la version courante du référentiel.
Erreur de référentiel	Le cdHab indiqué n’est pas dans le référentiel HABREF ; la valeur de cdHab n’a pu être trouvée dans la version courante du référentiel.
Erreur de référentiel	id_digitizer n’existe pas dans la table « t_roles »
Erreur de référentiel	Le code (maille/département/commune) n’existe pas dans le réferentiel géographique actuel
Format du fichier	L’extension de fichier fournie n’est pas correct
Géométrie	Coordonnées géographiques en dehors du périmètre géographique de l’instance
Géométrie	Erreur de projection pour les coordonnées fournies
Géométrie	Géométrie invalide ; la valeur de la géométrie ne correspond pas au format WKT.
Géométrie	Géométrie invalide
Géométrie	Aucune géometrie fournie (ni X/Y, WKT ou code)
Géoréférencement	Géoréférencement manquant ; un géoréférencement doit être fourni, c’est à dire qu’il faut livrer : soit une géométrie, soit une ou plusieurs commune(s), ou département(s), ou maille(s)
Géoréférencement	Plusieurs géoréférencements ; un seul géoréférencement doit être livré. Une seule des colonnes codeCommune/codeMaille/codeDépartement doit être remplie pour chaque ligne
Incohérence	altitude min > altitude max
Incohérence	profondeur min > profondeur max
Incohérence	date_min > date_max
Incohérence	Incohérence entre les champs dénombrement. La valeur de denombrement_min est supérieure à celle de denombrement _max ou la valeur de denombrement _max est inférieur à denombrement_min.
Incohérence	Erreur de valeur
Incohérence	Incohérence entre les champs de preuve ; si le champ preuveExistante vaut oui, alors l’un des deux champs preuveNumérique ou preuveNonNumérique doit être rempli. A l’inverse, si l’un de ces deux champs est rempli, alors « preuveExistante » ne doit pas prendre une autre valeur que “oui” (code 1).
Incohérence	Référence bibliographique manquante ; si le champ statutSource a la valeur Li (Littérature), alors une référence bibliographique doit être indiquée.
Incohérence	La date de début est inférieur à 1900
Incohérence	La date de fin est inférieur à 1900
Lecture du fichier	Erreur de lecture des données; le format du fichier est incorrect.
Lecture du fichier	Erreur de lecture des données en raison d’un problème d’encodage.
Nom du fichier	Le nom de fichier ne comporte que des chiffres.
Nom du fichier	Nom de fichier trop long ; la longueur du nom de fichier ne doit pas être supérieure à 100 caractères
Ouverture du fichier	Aucun fichier détecté.
Ouverture du fichier	Le fichier ne comporte aucune donnée.
Ouverture du fichier	Aucun fichier envoyé
Ouverture du fichier	Le fichier fournit est vide
Taille du fichier	La taille du fichier dépasse la taille du fichier autorisée

Exemple de fichier CSV pour l’import OccHab.

Ci-dessous un exemple de fichier CSV avec les colonnes et le contenu attendu dans l’import de données vers Occhab.

Le fichier CSV pour un import Occhab représente un tableau à plat des données des stations et de leurs habitats. Par conséquent, les données d’une station doivent être répétées autant de fois que son nombre d’habitats.

Plus d’exemples sont disponibles dans le fichier valid_file.csv dans le dossier backend/geonature/tests/imports/files/occhab/valid_file.csv.